In de persoon van ds. M. Cohen kwam er een eigen voorganger. Hoewel de Baptistengemeente is ontstaan vanuit een Vrije Vergadering van gelovigen werd ervoor gekozen om zich voortaan als Baptistengemeente te profileren. Omdat de gemeente voortkwam uit een Vrije Vergadering, werd het ook een Vrije Baptistengemeente.

Het plan een eigen gebouw te verkrijgen nam vaste vormen aan. Er werd grond gekocht aan de Molenwerfstraat en alle gemeenteleden leverden hun bijdrage aan de bouw. In 1966 werd de Triomfatorkapel in gebruik genomen en twee jaar daarna gaf Ds. Cohen te kennen dat hij de gemeente wilde verlaten wegens een beroep naar Zwolle.

Een nieuwe predikant trad aan in de persoon van Ds. H.G. Koekkoek. Hij zou de gemeente 52 jaar blijven dienen.

Een verschil van inzicht ontstond tussen raad en voorganger over de koers van de gemeente. Het grootste deel van de raad besloot weg te gaan om een nieuwe Baptistengemeente te stichten. Een aantal andere gemeenteleden ging met hen mee. Ook in de jaren negentig van de vorige eeuw gingen een aantal gelovigen uit de gemeente om wederom een eigen Baptistengemeente op te richten. Inmiddels hebben de drie Baptistengemeenten toenadering gevonden tot elkaar.

De Baptistengemeente Alphen aan den Rijn kreeg een nieuwe predikant in de persoon van Ds. Smink, die vanuit Winschoten verhuisde en het beroep in Alphen aan den Rijn aanvaarde.